퇴직금 관련

저는 사단법인에서 10년째 근무하고 있습니다.
저희는 기본급만을 기준으로 퇴직금을 적립하고 있었는데, 최근 기본급만이 아니라 급여성 수당 모두를 포함하여 퇴직금을 계산해야 한다는 것을 알게 되었습니다.
(지금까지 이부분에 대해서 상위 결재권자나 감사에서 지적받은 적이 없었고, 직원들은 과거하던대로 업무를 처리하고 있었습니다. )
시에서 인건비를 지원받기 때문에 시에 관련 내용을 협의하였는데, 시에서는 저희가 과거의 것은 회계년도가 지났고, 저희 기관이 보조단체이기 때문에 지나간 것에 대해서는 지급해줄 수가 없고 기관에서 자체적으로 처리해야 한다고 하였습니다.
그에 대해 대표님께 보고를 하였는데, 대표님은 저희가 잘못 계산한거고, 이미 지나간 일이니 줄 필요가 없다는 입장입니다. 그래서 대표자 본인의 사람들(이사, 회원)들로 인사위원회를 구성하여 이 부분에 대해 논의를 하고 있습니다.

오늘 인사위원회에서 불시에 직원 면담을 했는데, 주요 내용은
1. 사단법인은 이사나, 대표자, 직원들이 주인이 아니라 회원들이 주인이기 때문에, 관련 안건을 총회에 올렸을 때 회원들이 반대하면 퇴직금을 줄 수 없다.
2. 본인의 권리는 근로자 스스로 주장해야 하는데, 채권청구기간은 법으로 정해져 있다. 최근3년
이런 내용을 계속 반복해서 얘기하더라구요. 그래서 위와 같은 논리로 결론이 날 것 같습니다.

인사위원회에서 주장하는 대로 사단법인이라 회원들이 주인이기 때문에, 총회에서 관련된 안건이 부결 된다면 저희가 퇴직금을 과소적립한 부분에 대해서 받을 수 없는 건가요?

부결된다면 어떻게 할 것인지 저희한테 대안을 달라고 하는데, 근로자 입장에서는 그냥 퇴직할 때 고용노동부에 신고하면 되는 거 아닌가요?