초과근로 및 대체휴무 지급 관련의 건

안녕하세요.
초과근로와 대체휴무 산정에 대해 사측과 문제를 겪고 있어 관련 내용 상담드립니다.

1. 소속 기관은 비영리법인(사회복지법인)입니다.
담당하고 있는 업무는 저 포함 총 2인이 직접 담당자로 지정되어 있으며, 팀장이 총괄하는 형태입니다.
- 담당 업무는 10~3월 한시적으로 진행되는 프로젝트이나, 규모가 커 기획 시기인 6월 부터 차년도 3월까지 가장 바쁩니다.
- 본인이 담당하고 있는 업무 외에도, 팀의 다른 업무를 담당하는 팀원들(팀장 포함 총 3인) 역시 다른 사유(기존에 팀에서 맡지 않았던 업무의 추가적인 할당)으로 초과근로가 발생하여 아래와 같은 문제를 겪고 있습니다.

2. 본인이 맡고 있는 업무의 직접 담당자 2인 중 1인이 2020년 5~7월(타 부서 이동), 10월(8월 신규 채용자 퇴사) 공석이었음.
따라서 남은 1인인 본인과 팀장에게 일이 더 많이 할당되는 형태로 운영되었음.

3. 위 기간 중 8월 10일 부터 ~11월 10일까지, 총 21차례, 54시간 40분의 초과근로 발생함
(1시간 내외 및 재택으로 초과근로한 내역은 제외한 것임)
- 주52시간 초과근로도 2주간 발생함

4. 본 기관의 초과근로와 대체휴무 기준은, 사전 신청(품의) 및 승인 > 허가 이후 초과근로 > 대체휴무 지급임

5. 단, 위 기간 중 진행된 업무가 사전 품의를 통해 정해진 시간만큼 처리할 수 있을 정도의 양이 아니었으며, 품의를 상신할 시간 조차 없어 사전 승인을 받지 못함(결원이 있어 평상시 업무량의 2배 이상)
- 초과근로 발생 사유와 상황에 대해 팀장, 상위부서장 모두 내용 인지하고 있었음

6. 해당 내용 관련하여 사후 승인 받고자 하였으나, 인사팀에서는 규정을 근거로 불가하다는 입장

7. 개인의 출퇴근 기록 역시 '인사팀 보관용'이라는 사유로 제공 불가하다는 입장(관련 규정 없음)

8. 이와 관련하여 부서 간의 논의 후, 규정상 불가한 부분이나 현업 상황을 고려하여 별도 품의와 인정절차 없이(공식적인 기록이나 시스템 등록 등은 없이) 부서 내부에서 초과근로에 대해 그냥 사용하는 것으로 협의(개인과의 협의가 아니며, 부서장 선에서 논의된 내용임)

9. 위 내용에 대해 불만 제기하였으나, 수용하는 것으로 위 상황을 똑같이 겪고 있는 팀원(3인)들과 협의 후 진행하고자 했으나,
소속 부서장이 '규정상 안되는 것을 임의 처리하는 만큼 초과근로 중 가산이 되어야 하는 일8시간(휴게포함9시간) 이후의 초과근로와 22시 이후의 초과근로에 대해 가산은 인정하지 않겠다'고 함

위 내용에 대해 수용 불가함을 회신했으나, 계속된 입장 차이로 인해 업무상 어려움이 있습니다.

1) 인사팀의 규정에 없으나 '개인 출퇴근 기록 본인 제공 불가'가 합당한지
2) 불가피한 초과근로가 발생하였고, 소속 부서에서 모두 인지하고 있었음에도 규정의 절차 미준수를 근거로 개인의 초과근로를 인정받지 못하는 것이 법률상 타당한지
3) 별도의 공식적인 처리 없이 부서 내 임의로 초과근로에 대해 처리하는 것이 타당한지
(중도 퇴사 등의 사유 발생시 초과근로에 대한 인정을 받기 어려워지는 부분인데)
4) 부서 내 임의로 초과근로에 대해 인정한다고 했을 때, 가산을 인정하지 않는 것이 타당한지 궁금합니다.

위 내용에 대해 전문가 님들의 답변 부탁드립니다. 감사합니다.