연말정산 근로소득원천징수영수증 관련

안녕하세요. 최근에 받은 2021년 연말정산 근로소득원천징수영수증 관련입니다.

작년에 의료비 지출이 커서(세액공제대상이 되는 총급여의 3% 초과)
세액공제를 기대하고 홈텍스에서 자동으로 뜨는 간소화자료 + 누락된 의료비는 추가로 의료비영수증(약 50만원)으로 제출하였는데요.

근로소득원천징수영수증에는 추가로 제출한 의료비(약 50만원)가 반영이 되지 않았습니다.
회사 담당자에게 말씀드리니,
2021년 기납부액이 전액 나온 거라서 반영여부는 크게 상관없고,
소득세 지방소득세 납입부분에서만 환급이 주어지는거라고 하셔서 일단 알겠다고 하였습니다.

기납부액이 전액 나왔다는 것은 알겠는데,
1. FM대로 의료비가 모두 반영되지 않아도 진짜 별다른 문제가 없는 것인지?
2. 혹시 작년 의료비 보험청구를 올해 해서 올해 보험금을 받았는데 이와 관련하여 2022년 연말정산 때나 혹은 다른 문제가 있는 것은 아닌지?
등이 궁금합니다.

읽어주셔서 감사합니다.