임금체불_연장근로수당및 연차수당 부족분

저는 만11년 일하고 3월6일 퇴사를 했습니다. 입사일은 2009년 3월2일이구요. 회사에서 지난 3년동안 연차수당및 연장근로수당을 회사내규의 잘못된 방식으로 계산하여 급여를 지급하였습니다. 그래서 제가 통상시급에 의한 연차및 연장근로수당의 차액분을 계산하여 회사에 이메일로 3월9일 청구하였습니다. 관련 자료는 제가 갖고 있습니다.
회사에서 3월12일 "하기 메일 건과 관련하여 당사는 2020년 1월 고용노동부 현장조사 및 이의 처분에 따른 이행조치사항을성실히 진행 중에 있습니다.귀하가 보내주신 내용에 대한 검토는 그 연관 시기가 장기간이며, 관련 세부내역의 확인작업이 방대하고 복잡하므로 위 건 이행조치사항이 종결된 후(->3월20일경으로 알고있슴) 성실히 검토하여 당사의 입장을 답변할 예정이오니 양해하여 주시기 바랍니다." 라고 회사로부터 답변메일이왔습니다. 제가 궁금한건, 2017년도 3월2일에 발생된 연차수당은 2017년 3월30일 급여지급일에 저에게 지급되는데, 만약 회사에서 늦게 조치하여 3년의 임금 채권 청구시효가 지날경우 해당 연차수당및 그 달의 연장근로수당을 청구할 권리가 사라지는 건가요? 만약 그렇다한다면 전 어떻게 회사에게 답변메일을 보내야 위에서 언급한 연차및 연장수당을 받을 수 있을까요?
참고로 연차및 연장수당 청구 기간은 2017년 3월~ 2020년 2월에 해당되는 수당을 청구하였으며 금액은 대략 2500만원 정도 입니다.